該所主要有生物化學(xué)及分子生物學(xué),流行病學(xué),化學(xué)致癌,細(xì)胞與分子免疫學(xué)以及生化與分子診斷,實(shí)驗(yàn)動(dòng)物研究室等。1985年經(jīng)國家計(jì)委批準(zhǔn)在生物化學(xué)及分子生物學(xué)研究室的基礎(chǔ)上,建立癌基因及相關(guān)基因國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。研究所的方向和任務(wù)主要是惡性腫瘤的流行病學(xué)與病因?qū)W的研究,腫瘤發(fā)病機(jī)理的探索以及發(fā)展基因診斷和基因治療,細(xì)胞及免疫學(xué)診斷和治療等生物高科技研究,探索腫瘤防治的新途徑。各研究室擁有一批先進(jìn)的科學(xué)儀器設(shè)備。癌基因與相關(guān)基因國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的主攻方向是腫瘤及細(xì)胞生長相關(guān)的人功能基因組學(xué)研究及基因治療研究。1996年由國家科委與上海市科委共建基因治療研究中試上海基地。先后與市臨床單位,中國科學(xué)院生物工程研究中心,復(fù)旦大學(xué),肝癌高發(fā)現(xiàn)場(chǎng)啟東肝癌研究所等建立了合作網(wǎng)絡(luò)。1980年經(jīng)世界衛(wèi)生組織確認(rèn)為世界衛(wèi)生組織癌癥研究合作中心之一。2003年經(jīng)教育部批準(zhǔn)由上海市衛(wèi)生局與上海市交通大學(xué)共建上海交通大學(xué)腫瘤研究所。