上海第二醫科大學是一所學科專業齊全、師資力量雄厚,學術成就卓著,醫、教、研全面發展的新型醫科大學。學校目前有11個二級學院和2個校直屬(部),1所衛生技術學院和1所全國重點附屬衛生學校,5所綜合性的附屬醫院,1所專科性附屬醫院,15所教學醫院及教學基地。于1997年11月順利通過了"211工程"建設項目立項評審,是國家"211工程"重點建設院校。
學科建設齊全,具有一流的科研機構和很強的科研實力。現有74個學科,其中2個國家重點學科、2個上海市重中之重學科、22個上海市重點學科,9個上海市領先學科。設有15個市級研究所、1個教育部重點實驗室(國家級)、3個衛生部重點實驗室、8個上海市重點實驗室、3個世界衛生組織合作中心、20個直屬研究室,承擔著國家大量的醫學科研任務。已基本形成了普通本科教育、研究生教育、成人繼續教育和外國留學生教育等比較完整的高等教育體系。