上海醫藥工業研究院科研機構設置及其科研方向涵蓋了整個藥學領域,可進行化學合成藥物、微生物與生化藥物、中藥和中藥現代化制劑、藥物新型制劑的研究開發以及有關重大品種生產工藝的技術創新。近年來,國家食品藥品監督管理局等部委在我院相繼設立了國家藥品包裝材料檢測中心、國家醫藥工業信息中心、藥物制劑國家工程研究中心、國家(上海)新藥安全評價研究中心4個國家級中心,已具備與國際接軌的科研設施、科研水平。是中國醫藥工業科研人才的重要聚集地和輸出源,現有中國工程院院士2人,享受國務院特殊津貼專家65人,新藥評審專家12人,系藥學一級學科博士學位授予權單位,擁有藥學領域多學科的博士培養資格,自2000年2月起,與上海交通大學共建“上海交通大學藥學院”。